第５章　更正及び決定 

（更正に関する特例） 
第百二十九条 　法人税に係る更正については、国税通則法第二十四条 （更正）又は第二十六条 （再更正）に規定する事項のほか、第百二条第一項第五号（所得税額等の控除不足額）に掲げる事項についても行うことができる。この場合において、当該事項につき更正をするときは、同法第二十八条第二項 （更正通知書の記載事項）中「税額等」とあるのは、「税額等並びに法人税法第百二条第一項第五号（所得税額等の控除不足額）に掲げる事項」とする。 
２ 　内国法人の提出した確定申告書又は連結確定申告書に記載された各事業年度の所得の金額又は各連結事業年度の連結所得の金額が当該事業年度又は連結事業年度の課税標準とされるべき所得の金額又は連結所得の金額を超えている場合において、その超える金額のうちに事実を仮装して経理したところに基づくものがあるときは、税務署長は、当該事業年度の所得に対する法人税又は連結事業年度の連結所得に対する法人税につき、当該事実を仮装して経理した内国法人が当該事業年度又は連結事業年度後の各事業年度又は各連結事業年度において当該事実に係る修正の経理をし、かつ、当該修正の経理をした事業年度の確定申告書又は連結事業年度の連結確定申告書を提出するまでの間は、更正をしないことができる。 
３ 　税務署長が第七十条第一項（仮装経理に基づく過大申告の場合の更正に伴う法人税額の控除）又は第八十一条の十六第一項若しくは第二項（仮装経理に基づく過大申告の場合の更正に伴う法人税額の連結事業年度における控除）に規定する更正をする場合における国税通則法第二十八条第二項 の規定の適用については、同項第三号 ニ中「その減少する部分の税額」とあるのは、「その減少する部分の税額及びその税額のうち法人税法第七十条第一項（仮装経理に基づく過大申告の場合の更正に伴う法人税額の控除）、第八十一条の十六第一項若しくは第二項（仮装経理に基づく過大申告の場合の更正に伴う法人税額の連結事業年度における控除）又は第百三十四条の二（仮装経理に基づく過大申告の場合の更正に伴う法人税額の還付）の規定の適用を受けるべき金額」とする。 

（青色申告書等に係る更正） 
第百三十条 　税務署長は、内国法人の提出した青色申告書又は連結確定申告書等（連結中間申告書、連結確定申告書又はこれらの申告書に係る修正申告書をいう。以下この条において同じ。）に係る法人税の課税標準又は欠損金額若しくは連結欠損金額の更正をする場合には、その内国法人の帳簿書類（当該連結確定申告書等に係る法人税の課税標準又は連結欠損金額の更正をする場合にあつては、連結子法人の帳簿書類を含む。）を調査し、その調査により当該青色申告書又は連結確定申告書等に係る法人税の課税標準又は欠損金額若しくは連結欠損金額の計算に誤りがあると認められる場合に限り、これをすることができる。ただし、当該青色申告書又は連結確定申告書等及びこれらに添付された書類に記載された事項によつて、当該課税標準又は欠損金額若しくは連結欠損金額の計算がこの法律の規定に従つていないことその他その計算に誤りがあることが明らかである場合は、その帳簿書類を調査しないでその更正をすることを妨げない。 
２ 　税務署長は、内国法人の提出した青色申告書又は連結確定申告書等に係る法人税の課税標準又は欠損金額若しくは連結欠損金額の更正をする場合には、その更正に係る国税通則法第二十八条第二項 （更正通知書の記載事項）に規定する更正通知書にその更正の理由を付記しなければならない。 

（推計による更正又は決定） 
第百三十一条 　税務署長は、内国法人に係る法人税につき更正又は決定をする場合には、内国法人の提出した青色申告書に係る法人税の課税標準又は欠損金額の更正をする場合を除き、その内国法人（各連結事業年度の連結所得に対する法人税につき更正又は決定をする場合にあつては、連結子法人を含む。）の財産若しくは債務の増減の状況、収入若しくは支出の状況又は生産量、販売量その他の取扱量、従業員数その他事業の規模によりその内国法人に係る法人税の課税標準（更正をする場合にあつては、課税標準又は欠損金額若しくは連結欠損金額）を推計して、これをすることができる。 

（同族会社等の行為又は計算の否認） 
第百三十二条 　税務署長は、次に掲げる法人に係る法人税につき更正又は決定をする場合において、その法人の行為又は計算で、これを容認した場合には法人税の負担を不当に減少させる結果となると認められるものがあるときは、その行為又は計算にかかわらず、税務署長の認めるところにより、その法人に係る法人税の課税標準若しくは欠損金額又は法人税の額を計算することができる。 
一 　内国法人である同族会社 
二 　イからハまでのいずれにも該当する内国法人 
イ　三以上の支店、工場その他の事業所を有すること。
ロ　その事業所の二分の一以上に当たる事業所につき、その事業所の所長、主任その他のその事業所に係る事業の主宰者又は当該主宰者の親族その他の当該主宰者と政令で定める特殊の関係のある個人（以下この号において「所長等」という。）が前に当該事業所において個人として事業を営んでいた事実があること。
ハ　ロに規定する事実がある事業所の所長等の有するその内国法人の株式の数又は出資の金額の合計額がその内国法人の発行済株式の総数又は出資金額（その内国法人が有する自己の株式又は出資を除く。）の三分の二以上に相当すること。
２ 　前項の場合において、内国法人が同項各号に掲げる法人に該当するかどうかの判定は、同項に規定する行為又は計算の事実のあつた時の現況によるものとする。 

（組織再編成に係る行為又は計算の否認） 
第百三十二条の二 　税務署長は、合併、分割、現物出資若しくは事後設立（第二条第十二号の六（定義）に規定する事後設立をいう。）によりその有する資産の移転を行い、若しくはこれと併せてその有する負債の移転を行つた法人（以下この条において「移転法人」という。）、当該資産の移転を受け、若しくはこれと併せて当該負債の移転を受けた法人（以下この条において「取得法人」という。）又は移転法人若しくは取得法人の株主等である法人の法人税につき更正又は決定をする場合において、これらの法人の行為又は計算で、これを容認した場合には、当該資産及び負債の譲渡に係る利益の額の減少又は損失の額の増加、法人税の額から控除する金額の増加、移転法人又は取得法人の株式（出資を含む。）の譲渡に係る利益の額の減少又は損失の額の増加、みなし配当金額（第二十四条第一項（配当等の額とみなす金額）の規定により利益の配当又は剰余金の分配の額とみなされる金額をいう。）の減少その他の事由により法人税の負担を不当に減少させる結果となると認められるものがあるときは、その行為又は計算にかかわらず、税務署長の認めるところにより、その法人に係る法人税の課税標準若しくは欠損金額又は法人税の額を計算することができる。 

（連結法人に係る行為又は計算の否認） 
第百三十二条の三 　税務署長は、連結法人の各連結事業年度の連結所得に対する法人税又は各事業年度の所得に対する法人税につき更正又は決定をする場合において、その連結法人の行為又は計算で、これを容認した場合には、当該各連結事業年度の連結所得の金額又は当該各事業年度の所得の金額から控除する金額の増加、これらの法人税の額から控除する金額の増加、連結法人間の資産の譲渡に係る利益の額の減少又は損失の額の増加その他の事由により法人税の負担を不当に減少させる結果となると認められるものがあるときは、その行為又は計算にかかわらず、税務署長の認めるところにより、その連結法人に係るこれらの法人税の課税標準若しくは欠損金額若しくは連結欠損金額又はこれらの法人税の額を計算することができる。 

（確定申告又は連結確定申告に係る更正による所得税額等の還付） 
第百三十三条 　内国法人の提出した確定申告書又は連結確定申告書に係る法人税につき更正があつた場合において、その更正により第七十四条第一項第三号（所得税額等の控除不足額）又は第八十一条の二十二第一項第三号（連結確定申告書に係る所得税額等の控除不足額）に掲げる金額が増加したときは、税務署長は、その内国法人に対し、その増加した部分の金額に相当する税額を還付する。 
２ 　前項の規定による還付金について還付加算金を計算する場合には、その計算の基礎となる国税通則法第五十八条第一項 （還付加算金）の期間は、前項の確定申告書又は連結確定申告書の提出期限（これらの申告書が期限後申告書である場合には、これらの申告書を提出した日）の翌日からその還付のための支払決定をする日又はその還付金につき充当をする日（同日前に充当をするのに適することとなつた日がある場合には、その適することとなつた日）までの期間とする。 
３ 　第一項の規定による還付金を同項の確定申告書に係る事業年度の所得に対する法人税又は同項の連結確定申告書に係る連結事業年度の連結所得に対する法人税で未納のものに充当する場合には、その還付金の額のうちその充当する金額については、還付加算金を付さないものとし、その充当される部分の法人税については、延滞税及び利子税を免除するものとする。 
４ 　前二項に定めるもののほか、第一項の規定による還付金（これに係る還付加算金を含む。）につき充当をする場合の方法その他同項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。 

（確定申告又は連結確定申告に係る更正又は決定による中間納付額の還付） 
第百三十四条 　中間申告書又は連結中間申告書を提出した内国法人である普通法人のその中間申告書に係る事業年度の法人税又は連結中間申告書に係る連結事業年度の法人税につき決定があつた場合において、その決定に係る第七十四条第一項第五号（中間納付額の控除不足額）又は第八十一条の二十二第一項第五号（中間納付額の控除不足額）に掲げる金額があるときは、税務署長は、その普通法人に対し、当該金額に相当する中間納付額を還付する。 
２ 　中間申告書又は連結中間申告書を提出した内国法人である普通法人のその中間申告書に係る事業年度の法人税又は連結中間申告書に係る連結事業年度の法人税につき更正があつた場合において、その更正により第七十四条第一項第五号又は第八十一条の二十二第一項第五号に掲げる金額が増加したときは、税務署長は、その普通法人に対し、その増加した部分の金額に相当する中間納付額を還付する。 
３ 　税務署長は、前二項の規定による還付金の還付をする場合において、これらの規定に規定する中間申告書又は連結中間申告書に係る中間納付額について納付された延滞税があるときは、その額のうち、これらの規定により還付される中間納付額に対応するものとして政令で定めるところにより計算した金額を併せて還付する。 
４ 　第一項又は第二項の規定により還付金について還付加算金を計算する場合には、その計算の基礎となる国税通則法第五十八条第一項 （還付加算金）の期間は、第一項又は第二項の規定により還付すべき中間納付額の納付の日（その中間納付額がその納期限前に納付された場合には、その納期限）の翌日からその還付のための支払決定をする日又はその還付金につき充当をする日（同日前に充当をするのに適することとなつた日がある場合には、その適することとなつた日）までの期間とする。ただし、次の各号に掲げる還付金については、当該各号に定める日数は、当該期間に算入しない。 
一 　第一項の規定による還付金　同項に規定する事業年度の第七十四条第一項の規定による申告書又は第一項に規定する連結事業年度の第八十一条の二十二第一項の規定による申告書の提出期限の翌日から第一項の決定があつた日までの日数 
二 　第二項の規定による還付金（その基因となつた更正が次のいずれにも該当しないものを除く。）　同項に規定する事業年度の第七十四条第一項の規定による申告書又は第二項に規定する連結事業年度の第八十一条の二十二第一項の規定による申告書の提出期限の翌日から、次に掲げる場合の区分に応じそれぞれ次に定める日までの日数 
イ　第二項の更正に係る確定申告書又は連結確定申告書が期限後申告書である場合　その提出の日
ロ　第二項の更正が決定に係る更正である場合　その決定があつた日
５ 　第一項又は第二項の規定による還付金をその額の計算の基礎とされた中間納付額に係る事業年度の所得に対する法人税又は連結事業年度の連結所得に対する法人税で未納のものに充当する場合には、その還付金の額のうちその充当する金額については、還付加算金を付さないものとし、その充当される部分の法人税については、延滞税及び利子税を免除するものとする。 
６ 　第三項の規定による還付金については、還付加算金は、付さない。 
７ 　前三項に定めるもののほか、第一項又は第二項の規定による還付金（これに係る還付加算金を含む。）につき充当をする場合の方法その他第一項から第三項までの規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。 

（仮装経理に基づく過大申告の場合の更正に伴う法人税額の還付） 
第百三十四条の二 　内国法人につき第七十条（仮装経理に基づく過大申告の場合の更正に伴う法人税額の控除）の規定の適用がある場合において、その内国法人の同条第一項に規定する更正の日の属する事業年度開始の日前一年以内に開始する各事業年度の所得に対する法人税の額（附帯税の額を除く。）で当該更正の日の前日において確定しているものがあるときは、税務署長は、その内国法人に対し、同項の規定により控除することができる金額のうち当該法人税の額（既にこの項の規定により還付をすべき金額の計算の基礎となつたものを除く。）に達するまでの金額を還付する。この場合において、当該還付する金額については、同条第一項の規定による控除は、しないものとする。 
２ 　連結法人につき第八十一条の十六（仮装経理に基づく過大申告の場合の更正に伴う法人税額の連結事業年度における控除）の規定の適用がある場合において、その連結法人の同条第一項（同条第二項において準用する場合を含む。以下この項において同じ。）に規定する更正の日の属する連結親法人事業年度（第十五条の二第一項（連結事業年度の意義）に規定する連結親法人事業年度をいう。）開始の日前一年以内に開始する各連結事業年度の連結所得に対する法人税の額（附帯税の額を除く。）で当該更正の日の前日において確定しているものがあるときは、税務署長は、当該連結法人に係る連結親法人に対し、第八十一条の十六第一項の規定により控除することができる金額のうち当該法人税の額（既にこの項の規定により還付すべき金額の計算の基礎となつたものを除く。）に達するまでの金額を還付する。この場合において、当該還付する金額については、同条第一項の規定による控除は、しないものとする。 
３ 　前二項の規定による還付金について還付加算金を計算する場合には、その計算の基礎となる国税通則法第五十八条第一項 （還付加算金）の期間は、第一項又は前項の更正の日の翌日以後一月を経過した日からその還付のための支払決定をする日又はその還付金につき充当をする日（同日前に充当をするのに適することとなつた日がある場合には、その適することとなつた日）までの期間とする。 

（特定信託の確定申告に係る更正による所得税額等の還付） 
第百三十四条の三 　内国法人の提出した特定信託確定申告書に係る法人税につき更正があつた場合において、その更正により第八十二条の十第一項第三号（所得税額等の控除不足額）に掲げる金額が増加したときは、税務署長は、その内国法人に対し、その増加した部分の金額に相当する税額を還付する。 
２ 　第百三十三条第二項から第四項まで（確定申告又は連結確定申告に係る更正による所得税額等の還付）の規定は、前項の規定を適用する場合について準用する。この場合において、同条第二項中「確定申告書又は連結確定申告書」とあるのは「特定信託確定申告書」と、「これらの申告書」とあるのは「当該申告書」と、同条第三項中「確定申告書に係る事業年度」とあるのは「特定信託確定申告書に係る計算期間」と、「法人税又は同項の連結確定申告書に係る連結事業年度の連結所得に対する法人税」とあるのは「法人税」と、「延滞税及び利子税」とあるのは「延滞税」と読み替えるものとする。 

（特定信託の確定申告に係る更正又は決定による中間納付額の還付） 
第百三十四条の四 　特定信託中間申告書を提出した内国法人のその特定信託中間申告書に係る計算期間の法人税につき決定があつた場合において、その決定に係る第八十二条の十第一項第五号（中間納付額の控除不足額）に掲げる金額があるときは、税務署長は、その内国法人に対し、当該金額に相当する中間納付額を還付する。 
２ 　特定信託中間申告書を提出した内国法人のその特定信託中間申告書に係る計算期間の法人税につき更正があつた場合において、その更正により第八十二条の十第一項第五号に掲げる金額が増加したときは、税務署長は、その内国法人に対し、その増加した部分の金額に相当する中間納付額を還付する。 
３ 　税務署長は、前二項の規定による還付金の還付をする場合において、これらの規定に規定する特定信託中間申告書に係る中間納付額について納付された延滞税があるときは、その額のうち、これらの規定により還付される中間納付額に対応するものとして政令で定めるところにより計算した金額を併せて還付する。 
４ 　第百三十四条第四項から第七項まで（確定申告又は連結確定申告に係る更正又は決定による中間納付額の還付）の規定は、前三項の規定を適用する場合について準用する。この場合において、同条第四項第一号中「事業年度の第七十四条第一項」とあるのは「計算期間の第八十二条の十第一項」と、「申告書又は第一項に規定する連結事業年度の第八十一条の二十二第一項の規定による申告書」とあるのは「申告書」と、同項第二号中「事業年度の第七十四条第一項」とあるのは「計算期間の第八十二条の十第一項」と、「申告書又は第二項に規定する連結事業年度の第八十一条の二十二第一項の規定による申告書」とあるのは「申告書」と、「確定申告書又は連結確定申告書」とあるのは「特定信託確定申告書」と、同条第五項中「係る事業年度」とあるのは「係る計算期間」と、「法人税又は連結事業年度の連結所得に対する法人税」とあるのは「法人税」と、「延滞税及び利子税」とあるのは「延滞税」と読み替えるものとする。 

（清算確定申告に係る更正による所得税額の還付） 
第百三十五条 　内国法人である普通法人又は協同組合等の提出した清算確定申告書に係る法人税につき更正があつた場合において、その更正により第百四条第一項第三号（所得税額の控除不足額）に掲げる金額が増加したときは、税務署長は、その普通法人又は協同組合等に対し、その増加した部分の金額に相当する税額を還付する。 
２ 　前項の規定による還付金については、還付加算金は、附さない。 

（清算確定申告に係る更正又は決定による清算中の予納額の還付） 
第百三十六条 　第百二条第一項（清算中の所得に係る予納申告）又は第百三条第一項（残余財産の一部分配に係る予納申告）の規定による申告書を提出すべき内国法人である普通法人又は協同組合等のその解散に係る清算所得に対する法人税につき決定があつた場合において、その決定に係る第百四条第一項第五号（清算中の予納額の控除不足額）に掲げる金額があるときは、税務署長は、その普通法人又は協同組合等に対し、当該金額に相当する清算中の予納額を還付する。 
２ 　前項に規定する申告書を提出すべき内国法人である普通法人又は協同組合等のその解散に係る清算所得に対する法人税につき更正があつた場合において、その更正により第百四条第一項第五号に掲げる金額が増加したときは、税務署長は、その普通法人又は協同組合等に対し、その増加した部分の金額に相当する清算中の予納額を還付する。 
３ 　税務署長は、前二項の規定による還付金の還付をする場合において、これらの規定に規定する申告書に係る清算中の予納額について納付された延滞税があるときは、その額のうち、その清算中の予納額で第百五条（清算中の所得に係る予納申告による納付）又は第百六条（残余財産の一部分配に係る予納申告による納付）の規定による納期限がその還付の日に最も近いものから順次前二項の規定による還付金に達するまでさかのぼつて求めた場合における各清算中の予納額に対応するものとして政令で定めるところにより計算した金額の合計額をあわせて還付する。 
４ 　前三項の規定による還付金については、還付加算金を附さないものとし、第一項又は第二項の規定による還付金を清算中の予納額で未納のものに充当する場合には、その充当される部分の清算中の予納額については、延滞税を免除するものとする。 
５ 　前項に定めるもののほか、第一項又は第二項の規定による還付金につき充当をする場合の方法その他第一項から第三項までの規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。 

（継続等の場合の更正による所得税額等の還付） 
第百三十七条 　第百二十条第一項（継続等の場合の所得税額等の還付）に規定する還付の請求があつた後に同項に規定する清算中の各事業年度の清算事業年度予納申告書に係る法人税につき更正があつた場合において、その更正により第百二条第一項第五号（所得税額等の控除不足額）に掲げる金額が増加したときは、税務署長は、当該還付の請求をした内国法人である普通法人又は協同組合等に対し、その増加した部分の金額に相当する税額を還付する。 
２ 　前項の規定による還付金について還付加算金を計算する場合には、その計算の基礎となる国税通則法第五十八条第一項 （還付加算金）の期間は、前項に規定する還付の請求があつた日（同日が第百二十条第一項に規定する継続の日の前日又は合併の日の前日の属する事業年度の第百二条第一項の規定による申告書の提出期限前である場合には、その提出期限）の翌日からその還付のための支払決定をする日又はその還付金につき充当をする日（同日前に充当をするのに適することとなつた日がある場合には、その適することとなつた日）までの期間とする。 