第４章　申告、納付、還付等 

（課税資産の譲渡等についての中間申告） 
第四十二条 　事業者（第九条第一項本文の規定により消費税を納める義務が免除される事業者及び第十九条第一項第三号又は第四号の規定による届出書の提出をしている事業者を除く。第四項及び第六項において同じ。）は、その課税期間（個人事業者にあつては事業を開始した日の属する課税期間、法人にあつては三月を超えない課税期間及び新たに設立された法人のうち合併により設立されたもの以外のものの設立の日の属する課税期間を除く。）開始の日以後三月を経過した日から二月以内に、次に掲げる事項を記載した申告書を税務署長に提出しなければならない。ただし、第一号に掲げる金額が百万円以下である場合は、この限りでない。 
一 　当該課税期間の直前の課税期間の確定申告書（第四十五条第一項の規定による申告書をいう。以下この条において同じ。）に記載すべき同項第四号に掲げる消費税額で当該課税期間開始の日以後三月を経過した日の前日までに確定したものを当該直前の課税期間の月数で除し、これに三を乗じて計算した金額 
二 　前号に掲げる金額の計算の基礎その他財務省令で定める事項 
２ 　前項の場合において、同項の事業者が合併（合併により法人を設立する場合を除く。以下この項において同じ。）に係る合併法人で次の各号に掲げる期間内にその合併をしたものであるときは、その法人が提出すべき当該課税期間の前項の規定による申告書については、同項第一号に掲げる金額は、同号の規定にかかわらず、同号の規定により計算した金額に相当する金額に当該各号に定める金額を加算した金額とする。 
一 　当該課税期間の直前の課税期間　被合併法人のその合併の日の前日の属する課税期間（以下この号において「被合併法人特定課税期間」という。）の確定申告書に記載すべき第四十五条第一項第四号に掲げる金額でその合併法人の当該課税期間開始の日以後三月を経過した日の前日までに確定したもの（被合併法人特定課税期間の月数が三月に満たない場合又は当該確定したものがない場合には被合併法人特定課税期間の直前の課税期間（その月数が三月に満たないものを除く。）の確定申告書に記載すべき同号に掲げる金額でその合併法人の当該課税期間開始の日以後三月を経過した日の前日までに確定したもの。以下この項及び次項において「被合併法人の確定消費税額」という。）をその計算の基礎となつたその被合併法人の課税期間の月数で除し、これにその合併法人の直前の課税期間の月数のうちに当該直前の課税期間開始の日からその合併の日の前日までの期間の月数の占める割合に三を乗じた数を乗じて計算した金額 
二 　当該課税期間開始の日から同日以後三月を経過した日の前日までの期間　被合併法人の確定消費税額をその計算の基礎となつたその被合併法人の課税期間の月数で除し、これにその合併の日から当該三月を経過した日の前日までの期間の月数を乗じて計算した金額 
３ 　第一項の場合において、同項の事業者が合併（合併により法人を設立する場合に限る。）に係る合併法人であるときは、その法人が提出すべきその設立後最初の課税期間の同項の規定による申告書については、同項第一号に掲げる金額は、同号の規定にかかわらず、各被合併法人の確定消費税額をその計算の基礎となつたその被合併法人の課税期間の月数で除し、これに三を乗じて計算した金額の合計額とする。 
４ 　事業者は、その課税期間（個人事業者にあつては事業を開始した日の属する課税期間、法人にあつては六月を超えない課税期間及び新たに設立された法人のうち合併により設立されたもの以外のものの設立の日の属する課税期間を除く。）開始の日以後六月を経過した日から二月以内に、次に掲げる事項を記載した申告書を税務署長に提出しなければならない。ただし、第一号に掲げる金額が百万円以下である場合は、この限りでない。 
一 　当該課税期間の直前の課税期間の確定申告書に記載すべき第四十五条第一項第四号に掲げる消費税額で当該課税期間開始の日以後六月を経過した日の前日までに確定したものを当該直前の課税期間の月数で除し、これに三を乗じて計算した金額 
二 　前号に掲げる金額の計算の基礎その他財務省令で定める事項 
５ 　第二項及び第三項の規定は、前項の規定の適用がある場合について準用する。この場合において、第二項中「同項の事業者」とあるのは「第四項の事業者」と、「三月を」とあるのは「六月を」と、「月数を乗じて」とあるのは「月数（当該月数が三を超えるときは、三）を乗じて」と、第三項中「同項の事業者」とあるのは「第四項の事業者」と読み替えるものとする。 
６ 　事業者は、その課税期間（個人事業者にあつては事業を開始した日の属する課税期間、法人にあつては九月を超えない課税期間及び新たに設立された法人のうち合併により設立されたもの以外のものの設立の日の属する課税期間を除く。）開始の日以後九月を経過した日から二月以内に、次に掲げる事項を記載した申告書を税務署長に提出しなければならない。ただし、第一号に掲げる金額が百万円以下である場合は、この限りでない。 
一 　当該課税期間の直前の課税期間の確定申告書に記載すべき第四十五条第一項第四号に掲げる消費税額で当該課税期間開始の日以後九月を経過した日の前日までに確定したものを当該直前の課税期間の月数で除し、これに三を乗じて計算した金額 
二 　前号に掲げる金額の計算の基礎その他財務省令で定める事項 
７ 　第二項及び第三項の規定は、前項の規定の適用がある場合について準用する。この場合において、第二項中「同項の事業者」とあるのは「第六項の事業者」と、「三月を」とあるのは「九月を」と、「月数を乗じて」とあるのは「月数（当該月数が三を超えるときは、三）を乗じて」と、第三項中「同項の事業者」とあるのは「第六項の事業者」と読み替えるものとする。 
８ 　事業者（第九条第一項本文の規定により消費税を納める義務が免除される事業者、第十九条第一項第三号又は第四号の規定による届出書の提出をしている事業者及び第一項又は第四項の規定による申告書を提出すべき事業者を除く。）は、その課税期間（個人事業者にあつては事業を開始した日の属する課税期間、法人にあつては六月を超えない課税期間及び新たに設立された法人のうち合併により設立されたもの以外のものの設立の日の属する課税期間を除く。）開始の日以後六月を経過した日から二月以内に、次に掲げる事項を記載した申告書を税務署長に提出しなければならない。ただし、第一号に掲げる金額が二十四万円以下である場合は、この限りでない。 
一 　当該課税期間の直前の課税期間の確定申告書に記載すべき第四十五条第一項第四号に掲げる消費税額で当該課税期間開始の日以後六月を経過した日の前日までに確定したものを当該直前の課税期間の月数で除し、これに六を乗じて計算した金額 
二 　前号に掲げる金額の計算の基礎その他財務省令で定める事項 
９ 　第二項及び第三項の規定は、前項の規定の適用がある場合について準用する。この場合において、第二項中「同項の事業者」とあるのは「第八項の事業者」と、「三月」とあるのは「六月」と、「三を」とあるのは「六を」と、第三項中「同項の事業者」とあるのは「第八項の事業者」と、「三を」とあるのは「六を」と読み替えるものとする。 
１０ 　前各項の月数は、暦に従つて計算し、一月に満たない端数を生じたときは、これを一月とする。 

（仮決算をした場合の中間申告書の記載事項等） 
第四十三条 　中間申告書（前条第一項、第四項、第六項又は第八項の規定による申告書をいう。以下この章において同じ。）を提出すべき事業者が中間申告対象期間を一課税期間とみなして当該中間申告対象期間に係る課税標準である金額（当該中間申告対象期間中に国内において行つた課税資産の譲渡等（第七条第一項、第八条第一項その他の法律又は条約の規定により消費税が免除されるものを除く。）に係る課税標準である金額をいう。以下この項において同じ。）の合計額及び第四十五条第一項第二号から第四号までに掲げる金額を計算した場合には、その事業者は、その提出する中間申告書に、前条第一項各号、第四項各号、第六項各号又は第八項各号に掲げる事項に代えて、次に掲げる事項を記載することができる。 
一 　当該課税標準である金額の合計額（次号において「課税標準額」という。） 
二 　課税標準額に対する消費税額 
三 　当該中間申告対象期間を一課税期間とみなした場合に前章の規定により前号に掲げる消費税額から控除をされるべき第四十五条第一項第三号イからハまでに掲げる消費税額の合計額 
四 　第二号に掲げる消費税額から前号に掲げる消費税額の合計額を控除した残額に相当する消費税額 
五 　前各号に掲げる金額の計算の基礎その他財務省令で定める事項 
２ 　前項に規定する中間申告対象期間とは、次の各号に掲げる事業者の区分に応じ当該各号に定める期間をいう。 
一 　前条第一項の規定による申告書を提出すべき事業者　当該課税期間開始の日以後三月の期間 
二 　前条第四項の規定による申告書を提出すべき事業者　当該課税期間開始の日から三月を経過した日以後三月の期間 
三 　前条第六項の規定による申告書を提出すべき事業者　当該課税期間開始の日から六月を経過した日以後三月の期間 
四 　前条第八項の規定による申告書を提出すべき事業者　当該課税期間開始の日以後六月の期間 
３ 　第一項に規定する中間申告対象期間に係る課税標準である金額の合計額並びに同項第二号に掲げる消費税額及び同項第三号に掲げる消費税額の合計額の計算については、第十六条第三項中「第四十五条第一項の規定による申告書（当該申告書に係る国税通則法第十八条第二項 （期限後申告）に規定する期限後申告書を含む」とあるのは「中間申告書（第四十二条第一項、第四項、第六項又は第八項の規定による申告書で第四十三条第一項各号に掲げる事項を記載したものをいう」と、第十七条第四項及び第十八条第二項中「第四十五条第一項の規定による申告書」とあるのは「中間申告書」とする。 
４ 　第一項各号に掲げる事項を記載した中間申告書には、財務省令で定めるところにより、同項に規定する中間申告対象期間中の資産の譲渡等の対価の額及び課税仕入れ等の税額（第三十条第二項に規定する課税仕入れ等の税額をいう。以下この章において同じ。）の明細その他の事項を記載した書類を添付しなければならない。 

（中間申告書の提出がない場合の特例） 
第四十四条 　中間申告書を提出すべき事業者がその中間申告書をその提出期限までに提出しなかつた場合には、その事業者については、その提出期限において、税務署長に第四十二条第一項各号、第四項各号、第六項各号又は第八項各号に掲げる事項を記載した中間申告書の提出があつたものとみなす。 

（課税資産の譲渡等についての確定申告） 
第四十五条 　事業者（第九条第一項本文の規定により消費税を納める義務が免除される事業者を除く。）は、課税期間ごとに、当該課税期間の末日の翌日から二月以内に、次に掲げる事項を記載した申告書を税務署長に提出しなければならない。ただし、国内における課税資産の譲渡等（第七条第一項、第八条第一項その他の法律又は条約の規定により消費税が免除されるものを除く。）がなく、かつ、第四号に掲げる消費税額がない課税期間については、この限りでない。 
一 　その課税期間中に国内において行つた課税資産の譲渡等（第七条第一項、第八条第一項その他の法律又は条約の規定により消費税が免除されるものを除く。）に係る課税標準である金額の合計額（次号において「課税標準額」という。） 
二 　課税標準額に対する消費税額 
三 　前章の規定によりその課税期間において前号に掲げる消費税額から控除をされるべき次に掲げる消費税額の合計額 
イ　第三十二条第一項第一号に規定する仕入れに係る消費税額
ロ　第三十八条第一項に規定する売上げに係る対価の返還等の金額に係る消費税額
ハ　第三十九条第一項に規定する領収をすることができなくなつた課税資産の譲渡等の税込価額に係る消費税額
四 　第二号に掲げる消費税額から前号に掲げる消費税額の合計額を控除した残額に相当する消費税額 
五 　第二号に掲げる消費税額から第三号に掲げる消費税額の合計額を控除してなお不足額があるときは、当該不足額 
六 　その事業者が当該課税期間につき中間申告書を提出した事業者である場合には、第四号に掲げる消費税額から当該申告書に係る中間納付額を控除した残額に相当する消費税額 
七 　第四号に掲げる消費税額から中間納付額を控除してなお不足額があるときは、当該不足額 
八 　前各号に掲げる金額の計算の基礎その他財務省令で定める事項 
２ 　前項の規定による申告書を提出すべき個人事業者がその課税期間の末日の翌日から当該申告書の提出期限までの間に当該申告書を提出しないで死亡した場合には、その相続人は、政令で定めるところにより、その相続の開始があつたことを知つた日の翌日から四月を経過した日の前日までに、税務署長に当該申告書を提出しなければならない。 
３ 　個人事業者が課税期間の中途において死亡した場合において、その者の当該課税期間分の消費税について第一項の規定による申告書を提出しなければならない場合に該当するときは、その相続人は、政令で定めるところにより、その相続の開始があつたことを知つた日の翌日から四月を経過した日の前日までに、税務署長に当該消費税について当該申告書を提出しなければならない。 
４ 　清算中の法人につきその残余財産が確定した場合には、当該法人の当該確定した日の属する課税期間に係る第一項の規定の適用については、同項中「課税期間ごとに、当該課税期間の末日の翌日から二月以内」とあるのは、「その残余財産の確定した日の翌日から一月以内（当該期間内に残余財産の最後の分配が行われる場合には、その行われる日の前日まで）」とする。 
５ 　第一項の規定による申告書には、財務省令で定めるところにより、当該課税期間中の資産の譲渡等の対価の額及び課税仕入れ等の税額の明細その他の事項を記載した書類を添付しなければならない。 

（還付を受けるための申告） 
第四十六条 　事業者（第九条第一項本文の規定により消費税を納める義務が免除される事業者を除く。）は、その課税期間分の消費税につき前条第一項第五号又は第七号に掲げる金額がある場合には、同項ただし書の規定により申告書を提出すべき義務がない場合においても、第五十二条第一項又は第五十三条第一項の規定による還付を受けるため、前条第一項各号に掲げる事項を記載した申告書を税務署長に提出することができる。 
２ 　個人事業者が課税期間の中途において死亡した場合において、その者の当該課税期間分の消費税について前項の規定による申告書を提出することができる場合に該当するときは、その相続人は、政令で定めるところにより、税務署長に当該申告書を提出することができる。 
３ 　第一項の規定による申告書には、財務省令で定めるところにより、当該課税期間中の資産の譲渡等の対価の額及び課税仕入れ等の税額の明細その他の事項を記載した書類を添付しなければならない。 

（引取りに係る課税貨物についての課税標準額及び税額の申告等） 
第四十七条 　関税法第六条の二第一項第一号 （税額の確定の方式）に規定する申告納税方式が適用される課税貨物を保税地域から引き取ろうとする者は、他の法律又は条約の規定により当該引取りに係る消費税を免除されるべき場合を除き、次に掲げる事項を記載した申告書を税関長に提出しなければならない。 
一 　当該引取りに係る課税貨物の品名並びに品名ごとの数量及び課税標準である金額（次号において「課税標準額」という。） 
二 　課税標準額に対する消費税額及び当該消費税額の合計額 
三 　前二号に掲げる金額の計算の基礎その他財務省令で定める事項 
２ 　関税法第六条の二第一項第二号 に規定する賦課課税方式が適用される課税貨物を保税地域から引き取ろうとする者は、他の法律又は条約の規定により当該引取りに係る消費税を免除されるべき場合を除き、その引き取る課税貨物に係る前項第一号に掲げる事項その他財務省令で定める事項を記載した申告書を税関長に提出しなければならない。 
３ 　第一項に規定する者がその引取りに係る課税貨物につき関税法第七条の二第二項 （特例申告）に規定する特例申告を行う場合には、当該課税貨物に係る第一項の申告書の提出期限は、当該課税貨物の引取りの日の属する月の翌月末日とする。 

（課税資産の譲渡等についての中間申告による納付） 
第四十八条 　中間申告書を提出した者は、当該申告書に記載した第四十二条第一項第一号、第四項第一号、第六項第一号又は第八項第一号に掲げる金額（第四十三条第一項各号に掲げる事項を記載した中間申告書を提出した場合には、同項第四号に掲げる金額）があるときは、当該申告書の提出期限までに、当該金額に相当する消費税を国に納付しなければならない。 
　

（課税資産の譲渡等についての確定申告による納付） 
第四十九条 　第四十五条第一項の規定による申告書を提出した者は、当該申告書に記載した同項第四号に掲げる消費税額（同項第六号の規定に該当する場合には、同号に掲げる消費税額）があるときは、当該申告書の提出期限までに、当該消費税額に相当する消費税を国に納付しなければならない。 

（引取りに係る課税貨物についての消費税の納付等） 
第五十条 　第四十七条第一項の規定による申告書を提出した者は、当該申告に係る課税貨物を保税地域から引き取る時（同条第三項の場合にあつては、当該申告書の提出期限）までに、当該申告書に記載した同条第一項第二号に掲げる消費税額の合計額に相当する消費税を国に納付しなければならない。 
２ 　保税地域から引き取られる第四十七条第二項に規定する課税貨物に係る消費税は、その保税地域の所在地を所轄する税関長が当該引取りの際徴収する。 

（引取りに係る課税貨物についての納期限の延長） 
第五十一条 　関税法第六条の二第一項第一号 （税額の確定の方式）に規定する申告納税方式（次項において「申告納税方式」という。）が適用される課税貨物を保税地域から引き取ろうとする者（当該課税貨物につき特例申告書を提出する者（第五十八条において「特例輸入者」という。）を除く。次項において同じ。）が、第四十七条第一項の規定による申告書を提出した場合において、当該申告書に記載した同項第二号に掲げる消費税額の合計額の全部又は一部の納期限に関し、その延長を受けたい旨の申請書を同項の税関長に提出し、かつ、当該消費税額の合計額の全部又は一部に相当する額の担保を当該税関長に提供したときは、当該税関長は、当該課税貨物に係る消費税については、前条第一項の規定にかかわらず、当該消費税額が当該提供された担保の額を超えない範囲内において、その納期限を三月以内に限り延長することができる。 
２ 　申告納税方式が適用される課税貨物を保税地域から引き取ろうとする者が、その月（以下この項において「特定月」という。）において課税貨物を保税地域から引き取るときに課されるべき消費税の納期限に関し、特定月の前月末日までにその延長を受けたい旨の申請書を当該保税地域の所在地を所轄する税関長に提出し、かつ、特定月において引き取ろうとする課税貨物に係る消費税額の合計額に相当する額の担保を当該税関長に提供したときは、当該税関長は、特定月においてその者が引き取る課税貨物に係る消費税については、前条第一項の規定にかかわらず、特定月における消費税の額の累計額が当該提供された担保の額を超えない範囲内において、その納期限を特定月の末日の翌日から三月以内に限り延長することができる。 
３ 　特例申告書をその提出期限までに提出した者が、当該特例申告書に記載した第四十七条第一項第二号に掲げる消費税額の合計額の全部又は一部の納期限に関し、当該特例申告書の提出期限までにその延長を受けたい旨の申請書を同項の税関長に提出し、かつ、当該消費税額の合計額の全部又は一部に相当する額の担保を当該税関長に提供したときは、当該税関長は、当該課税貨物に係る消費税については、前条第一項の規定にかかわらず、当該消費税額が当該提供された担保の額を超えない範囲内において、その納期限を二月以内に限り延長することができる。 

（仕入れに係る消費税額の控除不足額の還付） 
第五十二条 　第四十五条第一項又は第四十六条第一項の規定による申告書の提出があつた場合において、これらの申告書に第四十五条第一項第五号に掲げる不足額の記載があるときは、税務署長は、これらの申告書を提出した者に対し、当該不足額に相当する消費税を還付する。 
２ 　前項の規定による還付金について還付加算金（国税通則法第五十八条第一項 （還付加算金）に規定する還付加算金をいう。以下この章において同じ。）を計算する場合には、その計算の基礎となる同項 の期間は、当該還付に係る申告書が次の各号に掲げる申告書のいずれに該当するかに応じ、当該各号に定める期限又は日の翌日からその還付のための支払決定をする日又はその還付金につき充当（同法第五十七条第一項 （充当）の規定による充当をいう。以下この章において同じ。）をする日（同日前に充当をするのに適することとなつた日がある場合には、その適することとなつた日）までの期間とする。 
一 　第四十五条第一項の規定による申告書（当該申告書の提出期限内に提出されたものに限る。）　当該申告書の提出期限 
二 　第四十五条第一項の規定による申告書（当該申告書の提出期限内に提出されたものを除く。）　当該申告書の提出があつた日の属する月の末日 
三 　第四十六条第一項の規定による申告書　当該申告書の提出があつた日の属する月の末日（当該申告書が当該申告書に係る課税期間の末日の翌日から二月を経過する日前に提出された場合には、当該二月を経過する日） 
３ 　第一項の規定による還付金を同項に規定する申告書に係る課税期間の消費税で未納のものに充当する場合には、その還付金のうちその充当する金額については、還付加算金を付さないものとし、その充当される部分の消費税については、延滞税を免除するものとする。 
４ 　前二項に定めるもののほか、第一項の還付の手続、同項の規定による還付金（これに係る還付加算金を含む。）につき充当をする場合の方法その他同項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。 

（中間納付額の控除不足額の還付） 
第五十三条 　中間申告書を提出した者からその中間申告書に係る課税期間の第四十五条第一項又は第四十六条第一項の規定による申告書の提出があつた場合において、これらの申告書に第四十五条第一項第七号に掲げる不足額の記載があるときは、税務署長は、これらの申告書を提出した者に対し、当該不足額に相当する中間納付額を還付する。 
２ 　税務署長は、前項の規定による還付金の還付をする場合において、同項の中間申告書に係る中間納付額について納付された延滞税があるときは、その額のうち、同項の規定により還付される中間納付額に対応するものとして政令で定めるところにより計算した金額を併せて還付する。 
３ 　第一項の規定による還付金について還付加算金を計算する場合には、その計算の基礎となる国税通則法第五十八条第一項 （還付加算金）の期間は、第一項の規定により還付すべき中間納付額の納付の日（その中間納付額がその納期限前に納付された場合には、その納期限）の翌日からその還付のための支払決定をする日又はその還付金につき充当をする日（同日前に充当をするのに適することとなつた日がある場合には、その適することとなつた日）までの期間とする。ただし、当該還付に係る申告書が次の各号に掲げる申告書である場合には、当該各号に定める日数は、当該期間に算入しない。 
一 　第四十五条第一項の規定による申告書（当該申告書の提出期限内に提出されたものを除く。）　当該申告書の提出期限の翌日からその提出された日までの日数 
二 　第四十六条第一項の規定による申告書で当該申告書に係る課税期間の末日の翌日から二月を経過する日の翌日以後に提出されたもの　当該翌日からその提出された日までの日数 
４ 　第一項の規定による還付金をその額の計算の基礎とされた中間納付額に係る課税期間の消費税で未納のものに充当する場合には、その還付金の額のうちその充当する金額については、還付加算金を付さないものとし、その充当される部分の消費税については、延滞税を免除するものとする。 
５ 　第二項の規定による還付金については、還付加算金は、付さない。 
６ 　前三項に定めるもののほか、第一項又は第二項の還付の手続、第一項の規定による還付金（これに係る還付加算金を含む。）につき充当をする場合の方法その他同項又は第二項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。 

（確定申告等に係る更正による仕入れに係る消費税額の控除不足額の還付） 
第五十四条 　確定申告書等に係る消費税につき更正（国税通則法第二十四条 （更正）又は第二十六条 （再更正）の規定による更正をいう。以下この章において同じ。）があつた場合において、その更正により第四十五条第一項第五号に掲げる金額が増加したときは、税務署長は、その確定申告書等を提出した者に対し、その増加した部分の金額に相当する消費税額を還付する。 
２ 　前項の規定による還付金について還付加算金を計算する場合には、その計算の基礎となる国税通則法第五十八条第一項 （還付加算金）の期間は、前項の更正に係る確定申告書等が次の各号に掲げる申告書のいずれに該当するかに応じ当該各号に定める期限又は日の翌日からその還付のための支払決定をする日又はその還付金につき充当をする日（同日前に充当をするのに適することとなつた日がある場合には、その適することとなつた日）までの期間とする。 
一 　第四十五条第一項の規定による申告書（当該申告書の提出期限内に提出されたものに限る。）　当該申告書の提出期限 
二 　第四十五条第一項の規定による申告書（当該申告書の提出期限内に提出されたものを除く。）　当該申告書の提出があつた日の属する月の末日 
三 　第四十六条第一項の規定による申告書　当該申告書の提出があつた日の属する月の末日（当該申告書が当該申告書に係る課税期間の末日の翌日から二月を経過する日前に提出された場合には、当該二月を経過する日） 
３ 　第一項の規定による還付金を同項の確定申告書等に係る課税期間の消費税で未納のものに充当する場合には、その還付金の額のうちその充当する金額については、還付加算金を付さないものとし、その充当される部分の消費税については、延滞税を免除するものとする。 
４ 　前二項に定めるもののほか、第一項の規定による還付金（これに係る還付加算金を含む。）につき充当をする場合の方法その他同項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。 

（確定申告等に係る更正又は決定による中間納付額の控除不足額の還付） 
第五十五条 　中間申告書を提出した者のその中間申告書に係る課税期間の消費税につき決定（国税通則法第二十五条 （決定）の規定による決定をいう。以下この章において同じ。）があつた場合において、その決定に係る第四十五条第一項第七号に掲げる金額があるときは、税務署長は、その者に対し、当該金額に相当する中間納付額を還付する。 
２ 　中間申告書を提出した者のその中間申告書に係る課税期間の消費税につき更正があつた場合において、その更正により第四十五条第一項第七号に掲げる金額が増加したときは、税務署長は、その者に対し、その増加した部分の金額に相当する中間納付額を還付する。 
３ 　税務署長は、前二項の規定による還付金の還付をする場合において、これらの規定に規定する中間申告書に係る中間納付額について納付された延滞税があるときは、その額のうち、これらの規定により還付される中間納付額に対応するものとして政令で定めるところにより計算した金額を併せて還付する。 
４ 　第一項又は第二項の規定による還付金について還付加算金を計算する場合には、その計算の基礎となる国税通則法第五十八条第一項 （還付加算金）の期間は、第一項又は第二項の規定により還付すべき中間納付額の納付の日（その中間納付額がその納期限前に納付された場合には、その納期限）の翌日からその還付のための支払決定をする日又はその還付金につき充当をする日（同日前に充当をするのに適することとなつた日がある場合には、その適することとなつた日）までの期間とする。ただし、次の各号に掲げる還付金については、当該各号に定める日数は、当該期間に算入しない。 
一 　第一項の規定による還付金　同項に規定する課税期間の第四十五条第一項の規定による申告書の提出期限の翌日から第一項の決定があつた日までの日数 
二 　第二項の規定による還付金（その基因となつた更正が次のいずれにも該当しないものを除く。）　同項に規定する課税期間の第四十五条第一項の規定による申告書の提出期限（第四十六条第一項の規定による申告書にあつては、当該申告書に係る課税期間の末日の翌日から二月を経過する日）の翌日から、次のイ又はロに掲げる場合の区分に応じそれぞれイ又はロに定める日までの日数 
イ　第二項の更正に係る申告書が第四十五条第一項の規定による申告書（当該申告書の提出期限内に提出されたものを除く。）又は第四十六条第一項の規定による申告書（当該申告書に係る課税期間の末日の翌日から二月以内に提出されたものを除く。）である場合　その提出の日
ロ　第二項の更正が決定に係る更正である場合　その決定があつた日
５ 　第一項又は第二項の規定による還付金をその額の計算の基礎とされた中間納付額に係る課税期間の消費税で未納のものに充当する場合には、その還付金の額のうちその充当する金額については、還付加算金を付さないものとし、その充当される部分の消費税については、延滞税を免除する。 
６ 　第三項の規定による還付金については、還付加算金は、付さない。 
７ 　前三項に定めるもののほか、第一項又は第二項の規定による還付金（これに係る還付加算金を含む。）につき充当をする場合の方法その他第一項から第三項までの規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。 

（前課税期間の消費税額等の更正等に伴う更正の請求の特例） 
第五十六条 　確定申告書等に記載すべき第四十五条第一項第一号から第七号までに掲げる金額につき、修正申告書（国税通則法第十九条第三項 （修正申告）に規定する修正申告書をいう。以下この条において同じ。）を提出し、又は更正若しくは決定を受けた者は、その修正申告書の提出又は更正若しくは決定に伴い次の各号に掲げる場合に該当することとなるときは、その修正申告書を提出した日又はその更正若しくは決定の通知を受けた日の翌日から二月以内に限り、税務署長に対し、当該各号に規定する金額につき同法第二十三条第一項 （更正の請求）の規定による更正の請求（以下この条において「更正の請求」という。）をすることができる。この場合においては、同法第二十三条第三項 に規定する更正請求書には、同項 に規定する事項のほか、その修正申告書を提出した日又はその更正若しくは決定の通知を受けた日を記載しなければならない。 
一 　その修正申告書若しくは更正若しくは決定に係る課税期間後の課税期間の確定申告書等に記載した、又は決定を受けた当該課税期間に係る第四十五条第一項第四号又は第六号に掲げる金額（当該金額につき修正申告書の提出又は更正があつた場合には、その申告又は更正後の金額。次項において同じ。）が過大となる場合 
二 　その修正申告書若しくは更正若しくは決定に係る課税期間後の課税期間の確定申告書等に記載した、又は決定を受けた当該課税期間に係る第四十五条第一項第五号又は第七号に掲げる金額（当該金額につき修正申告書の提出又は更正があつた場合には、その申告又は更正後の金額。次項において同じ。）が過少となる場合 
２ 　第四十七条第一項の規定による申告書に記載すべき同項第一号又は第二号に掲げる金額につき、修正申告書を提出し、若しくは更正若しくは決定を受けた者又は同条第二項に規定する課税貨物に係る消費税につき国税通則法第三十二条第一項 （賦課決定）に規定する決定（以下この項において「賦課決定」という。）若しくは同条第二項 に規定する変更する決定（以下この項において「変更決定」という。）を受けた者は、その修正申告書の提出若しくは更正若しくは決定又は賦課決定若しくは変更決定に伴い次の各号に掲げる場合に該当することとなるときは、その修正申告書を提出した日又はその更正若しくは決定若しくは賦課決定若しくは変更決定（以下この項において「更正等」という。）の通知を受けた日の翌日から二月以内に限り、税務署長に対し、当該各号に規定する金額につき更正の請求をすることができる。この場合においては、同法第二十三条第三項 に規定する更正請求書には、同項 に規定する事項のほか、その修正申告書を提出した日又はその更正等の通知を受けた日を記載しなければならない。 
一 　その修正申告書又は更正等に係る課税期間の確定申告書等に記載した第四十五条第一項第四号又は第六号に掲げる金額が過大となる場合 
二 　その修正申告書又は更正等に係る課税期間の確定申告書等に記載した第四十五条第一項第五号又は第七号に掲げる金額が過少となる場合 